Estou executando o Ubuntu 14.04 com o Compiz 0.9.11.3. Nem todos os ícones de sobreposição no modo de dispersão correspondem ao tema de ícones.
Por exemplo: emacs24, gimp, libre office, Mathematica, Google-chrome, sublime.
[o emacs tinha um caminho codificado para o ícone do hicolor, mas alterá-lo não alterou o ícone de sobreposição (mesmo depois de reiniciar o unity / compiz).]