O Lubuntu utiliza o Ambiente de Trabalho LXDE que, por sua vez, faz uso de PCManFM para gerenciar a área de trabalho. Portanto, para alterar o tamanho dos ícones da área de trabalho, você precisa acessar as Preferências do PCManFM e definir o tamanho de ícone desejado.
Abra o PCManFM e vá para o Menu → Editar → Preferências → guia Exibir
Aproveite!