Parece que vejo o mesmo problema no Ubuntu Mate. Para ajustar a velocidade da maneira antiga, você pode usar a ferramenta de linha de comando xinput. Por exemplo, em um Dell XPS 13:
# list your devices
xinput
# list properties
xinput --list-props "CyPS/2 Cypress Trackpad"
# increase acceleration
xinput --set-prop "CyPS/2 Cypress Trackpad" 265 2
Os comandos --set-prop podem estar se transformando em um script e adicionados aos seus aplicativos de inicialização.
Ainda não encontrei uma GUI que defina todas as opções do touchpad.