Adicionei o comando sleep simples à seção stop do script de inicialização, como sugerido por @ user1133275. Isso funciona bem. Claro que isso poderia ser otimizado, mas é bom o suficiente por enquanto.
'stop () { [-z "$ VBOXAUTOSTART_DB"] & amp; & amp; sair 0 [-z "$ VBOXAUTOSTART_CONFIG"] & amp; & amp; sair 0
PARAMS="--stop --config $VBOXAUTOSTART_CONFIG"
# prevent inheriting this setting to VBoxSVC
unset VBOX_RELEASE_LOG_DEST
for user in 'ls $VBOXAUTOSTART_DB/*.stop'
do
start_daemon 'basename $user | sed -ne "s/\(.*\).stop//p"' $binary $PARAMS
done
sleep 40
return $RETVAL
'