Não acredito que haja uma maneira de substituir o iniciador do Unity pelo Docky, mas você sempre pode ocultá-lo automaticamente e ignorá-lo. Isso parece bastante irritante.
^ Isso deve ajudá-lo a ocultar automaticamente o inicializador.
Alternativamente, você pode sempre entrar na sessão do Ubuntu Classic, excluir o painel inferior e executar o Docky na inicialização. Se você precisar de mais ajuda com isso, fique à vontade para perguntar.