Quando pressiono a tecla Super por um longo tempo, a janela de atalho é aberta (como deveria).
Estranhamente, acontece o mesmo quando pressiono Super por um curto período de tempo.
Além disso, os ícones no Dock no lado esquerdo têm números, mesmo se a janela de atalho estiver fechada e pressionar uma tecla que tenha uma combinação com Super (como Super + T para Lixeira) executará a combinação mesmo que é pressionado sozinho (sem pressionar super).
Parece que o Ubuntu acha que o botão seria pressionado permanentemente depois de pressioná-lo uma vez.
Meu teclado é um GXT 280 da Trust (USB e sem drivers) e funciona bem no Windows.