O seu computador com Ubuntu pode não conseguir reproduzir a 1000fps, por isso tenta reproduzir o mais rapidamente possível, o que será variável dependendo da complexidade variável do vídeo.
Eu tenho um filme que foi gravado por uma câmera digital a 1000 fps. Quando o reproduzo no reprodutor de filmes padrão do Ubuntu (Vídeo 3.10.1), não sei ao certo qual frame por segundo ele é tocado, já que a duração do que é reproduzido é muito maior do que eu gravei, digamos, minutos poucos segundos do filme gravado.
O seu computador com Ubuntu pode não conseguir reproduzir a 1000fps, por isso tenta reproduzir o mais rapidamente possível, o que será variável dependendo da complexidade variável do vídeo.