Embora semelhante, o flash de pimenta que vem com o cromo é diferente daquele que é instalado a partir dos repositórios (adobe-flashplugin, ou sth assim).
Eu sei que há uma maneira de dizer ao Firefox para usar o Chrome, mas eu nunca olhei para isso, então não tenho certeza se esse é o seu caso.
Infelizmente, quando se trata de flash, acho que além de verificar se você está na última versão, não há muito o que fazer. Nesta situação, parece que o problema está presente apenas para itens flash no navegador.
Com mais informações, mais pessoas podem entrar.