Bem, parece que o meu problema não estava nos arquivos de tema (como comprovado pelo fato de nada ter mudado quando os substitui pelos arquivos de um amigo onde tudo funcionava normalmente), mas pelo ~ .config / gtk-3.0. Remover este diretório resolveu o problema.
Até que seja mostrado de outra forma, assumirei que as cores do menu podem não ser ajustadas nos arquivos de tema. Para a posteridade, por favor, adicione uma resposta sobre o ajuste manual de cores de menu em arquivos de tema, se você tiver um (e eu vou aceitá-lo se for bom).