Existem algumas coisas que você pode precisar verificar:
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Verifique se o diretório
/home/user/.ssh
foi copiado para/media/newDrive/home/user/.ssh
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Verifique se o diretório que o contém,
/media/newDrive/home/user
, tem o proprietário / permissões correto.
cp -R /home/user/.ssh /media/newDrive/home/user/.ssh
cat /home/user/.ssh/authorized_keys
chown $USER.$USER /media/newDrive/home/user
chmod 755 /media/newDrive/home/user