O sinal ~ no final do seu arquivo está simplesmente sinalizando que é um backup do arquivo que tem o mesmo nome sem o ~ .
Editores como gedit freqüentemente fazem uma cópia de backup dos arquivos que editam antes de salvar. Isso evita uma perda total de dados em caso de falha no salvamento.
Você pode excluir o arquivo, mas ele aparecerá novamente na próxima vez que você salvar com o editor que estiver deixando. Com a maioria dos editores, você pode dizer em preferências para não criar backups ao salvar.