Enquanto no Windows, qualquer extensão que possa ser executada em segundo plano também acionará o Chrome em segundo plano para ser executado. No Linux, o Chrome em segundo plano parece ficar apenas na memória se uma extensão solicitar expressamente uma presença em segundo plano. Isso ocorre mesmo quando você especifica o comutador de linha - no-startup-window .
Se você especificar o comutador e uma extensão que solicita uma presença em segundo plano não instalada, o Chrome carrega e sai, pois não há nenhuma janela aberta. Esse comportamento pode ser resolvido adicionando uma extensão ao Chrome que solicita especificamente a execução em segundo plano. A extensão do Hangouts é um bom exemplo disso.
Eu não gerencio pessoalmente a extensão do Hangouts, mas encontrei um pequeno e discreto extensão do temporizador que preenche a necessidade de ter uma extensão especificamente solicitada para ser executada em segundo plano, chamada countDown.