Eu acho que você está tentando iniciar o Emacs no terminal do Ubuntu, não é?
Depois, você precisa iniciar o aplicativo terminal e passar o comando para que ele seja executado. Por exemplo, você poderia fazê-lo com o terminal gnome usando o comando
gnome-terminal -e "emacs -nw"
Eu não tenho o terminal do Ubuntu Touch instalado, então não verifico se ele aceita comandos para execução via argumentos do programa e qual é a sintaxe. Se assim for, então o comando para colocar no arquivo .desktop seria semelhante ao acima.
O Emacs GUI provavelmente é impossível rodar no Ubuntu touch até rodar aplicativos do XMir nas imagens de produção - Eu não tenho nenhum dispositivo para instalar o UT e não tenho informações se isso já aconteceu.