Eu entendo que isso é SEMELHANTE às perguntas feitas anteriormente e usando essas postagens Eu realmente tenho o processo de arquivo indo no entanto quando terminar (sem erros preste atenção) o arquivo .mp4 é um arquivo de 0KB e quando aberto usando o player de filme diz que o fluxo não contém dados.
código usado para converter:
avconv -i movie.mkv -map 0 -strict experimental movie.mp4
também
avconv -i movie.mkv -map 0 movie.mp4
também
avconv -i movie.mkv -codec copy movie.mp4
por fim
avconv -i movie.mkv -c:v copy -c:a libfaac movie.mp4
todos terminam com isso.
video:400835kB audio:85478kB global headers:0kB muxing overhead -100.000000%
Tente instalar o pacote extras restritos do Ubuntu. Você pode estar perdendo alguns dos codecs necessários. Você pode instalar através do centro de software como mostrado abaixo: 
Ou você pode instalar por meio da linha de comando com sudo apt-get install ubuntu-restricted-extras