Se você estiver usando o "Classic GNOME" (ou seja, não o Unity), clique com o botão direito do mouse em um de seus painéis existentes e escolha "Novo painel". Isso deve dar a você um painel vertical de aparência engraçada na lateral de um de seus monitores. Clique com o botão direito do mouse no novo painel e desmarque a caixa que diz "expandir". Você terá um pequeno pequeno painel com uma alça, sob orientação, escolha a parte inferior (ou superior, onde quiser) e agora deve ser um pequeno painel horizontal flutuando na tela. Mova-o para onde você quiser e marque a expansão novamente e ele ficará bloqueado no lugar. Clique com o botão direito do mouse no painel e escolha "adicionar ao painel" e escolha "Lista de janelas". Estou assumindo que, desde que você disse que queria algo como o MultiMon for Linux, você queria um programa de tarefas dos aplicativos / janelas abertos em cada tela, para essa tela. Isso deve ser o que você está procurando.
Espero que isso ajude.