Eu não posso te ajudar com kali, mas você ainda deve ter seu CD do Ubuntu por aí. Inicialize, pegue a opção "try Ubuntu" e você terá uma versão funcional do Ubuntu com os volumes do seu computador como ícones no launcher.
Clique nos volumes que contêm seu ~ / e seu / usr (dependendo da sua instalação, este pode ser um mesmo volume) e observe o diretório em que eles estão montados no sistema Ubuntu live.
De um terminal, digite:
cp /media/SomeWeirdNumber/home/YourUserName/backup/* /media/SomeWeirdNumner/usr/share/X11/xorg.conf.d/
reinicie a máquina a partir das configurações do sistema e você deve estar de volta onde estava antes de começar a mexer no X11! ; -)