IMHO, a maneira "mais simples" é usar um ambiente de desktop alternativo em vez de Unity. Veja o Xfce ou o KDE.
Eu tenho muitas janelas cromadas abertas na minha máquina (e vários perfis cromados, inclusive), mas todas são mescladas em um único ícone no iniciador de unidade.
Existe uma maneira de fazê-los aparecer como um ícone? Ou pelo menos separado por perfil cromado?
IMHO, a maneira "mais simples" é usar um ambiente de desktop alternativo em vez de Unity. Veja o Xfce ou o KDE.