/usr/bin/X11 é um link simbólico que aponta para /usr/bin/ . Portanto, se você abrir /usr/bin/X11 , na verdade, abrirá /usr/bin/ e ainda conterá o link simbólico X11 apontando para /usr/bin/ ...
Este link simbólico é usado como a pasta /usr/bin/X11 não é mais usada pelo Ubuntu e todos os arquivos que ele contém são realmente em /usr/bin/ agora. Graças ao symlink, eles ainda são encontrados em seu antigo local, se um programa ou usuário estiver esperando por eles lá.
O arquivo /usr/bin/synaptic-pkexec faz parte do pacote synaptic , portanto deve estar lá se o Synaptic estiver instalado. Como há muitos arquivos em /usr/bin/ , pode levar algum tempo para o gerenciador de arquivos mostrar todos eles.
Na linha de comando, você pode usar
ls -l /usr/bin/synaptic-pkexec
para verificar se o arquivo /usr/bin/synaptic-pkexec está lá. A saída deve ser algo como
-rwxr-xr-x 1 root root 43 Jan 30 2012 /usr/bin/synaptic-pkexec