Atualmente, estou usando o 12.04 na maioria dos meus PCs, e a maioria deles foi instalada com a criptografia ativada. Nas minhas instalações, quando a criptografia foi ativada, significa que as pastas de dados pessoais reais são criptografadas para TODAS as contas instaladas nesse computador, independentemente de as contas serem adicionadas ou excluídas.
Se bem me lembro, a escolha de selecionar esse tipo de criptografia de pasta de dados é apresentada durante o processo de instalação, não antes, e também não é negociável depois.