São todos os front ends para apt
O apt-get é uma ferramenta de linha de comando, o synaptic é uma boa ferramenta, mas um pouco depreciada pelo centro de software.
Eu não estou familiarizado com o pip.
Veja também o link
Até onde eu sei, você pode usar apt, apt-get, aptitude, synaptic, centro de software, etc. sem problemas.