Primeiro, tenho o mesmo problema. Além disso, desde que você pode atualizar do terminal muito bem, então deve ser um problema com update-manager . Como esse é o problema, basta rodar sudo update-manager da próxima vez que você atualizar, e se isso acontecer copie e passe a saída para paste.ubuntu.com. E também, para atualizar do terminal é sudo apt-get upgrade , apenas para referência futura. sudo apt-get update atualiza a lista de pacotes da lista de repositórios.