Essa pergunta é bem antiga, mas darei minha experiência.
Use o LDAP para autenticação, não para autorização. Isso significa que o aplicativo PHP deve autenticar um usuário em relação ao servidor LDAP e conceder autorização com base em políticas internas (validadas em relação a grupos nos quais o usuário pode estar, por exemplo). A maioria dos frameworks web deve fornecer uma grande variedade de bibliotecas de autenticação LDAP. Desta forma, a autorização é descentralizada e simplificada a médio / longo prazo.
Em caso de aplicativo ser executado diretamente em uma máquina cliente, observe que o LDAP preservará os grupos posix e a pergunta a seguir pode ajudar: Como posso restringir o acesso ao programa para outros usuários?