Funcionará, mas será muito lento. Melhor fazer um drive USB ao vivo com espaço reservado para salvar suas configurações. Cada distribuição do Ubuntu pode fazer isso através de usb-creator-gtk .
Se você escolher a instalação completa em vez de conectar seu pen drive USB, inicie uma instalação normal. Ao chegar na seleção do HDD, selecione seu pendrive e siga em frente.