Você terá que usar o gimp no modo batch. Veja: link
Você provavelmente precisaria aprender o script-fu ... link
Como posso combinar vários JPEGs em um único XCF em camadas por meio da linha de comando?
Usando a interface gráfica do GIMP, posso escolher Arquivo ▸ Abrir como Camadas ... , mas não vejo uma opção de linha de comando análoga. Eu tentei combinar as imagens usando o ImageMagick, mas ele não reconhece o XCF como um formato de saída.