Estes são atalhos globais que funcionam fora da caixa (testados com o Debian 8.2) em terminais e aplicativos GUI:
- copy: Ctrl + Inserir
- cole: Shift + Inserir
- cut: Deslocamento + Apagar
Eu não testei isso, mas para mudar esses atalhos você poderia tentar: Use Shift + Insert para colar da área de transferência no gnome-terminal?