Talvez isso já tenha sido resolvido para você, mas acabei encontrando o mesmo problema (Ubuntu 14.04, yEd & amp; Unity). Não tenho ideia do que causa o problema, mas a seguinte solução funcionou para mim:
- Selecione o ano de execução usando o ícone na barra lateral do Unity.
- Pressione Alt + Espaço. Isso deve mostrar o menu da janela, mas para mim ele ficou vazio.
- Pressione a tecla de seta para cima ou para baixo. Isso deve mostrar os itens do menu.
- Selecione Maximizar.
Dessa forma eu consegui abrir a janela do yEd, depois disso funcionou para mim.