Eu rodaria mysqldump
periodicamente na máquina # 1; isso te dá um arquivo grande. Este arquivo pode então ser transferido para a máquina 2 usando o rsync (com compactação, pois ele conterá apenas texto ASCII, instruções SQL realmente) sem se preocupar com as permissões do banco de dados. Na máquina 2, o arquivo de despejo é ilegível para qualquer pessoa, exceto o proprietário. E como o seu banco de dados no # 1 pode ser alcançado a partir de uma máquina local, você pode até fazer o mysqldump localmente, o que é útil para testar o procedimento.
Se algo der errado na máquina 1, você precisará recarregar o banco de dados do último arquivo de despejo bom. Basicamente, esse é um comando de uma linha que apaga todo o banco de dados e o carrega do arquivo de despejo. Os procedimentos de backup e restauro estão bem documentados e descritos, e. aqui e mais dicas e truques podem ser encontrados em googling mysqldump
.
O uso dessa ferramenta padrão será muito mais seguro e direto do que tentar transferir os arquivos de dados por conta própria.