Cada partição possui seu próprio sistema de arquivos. O Windows pode usar o NTFS do FAT, mas o Linux usa seu próprio ext2, ext3 ou ext4. Porque o Windows não pode ler o sistema de arquivos ext você não pode acessar facilmente seus arquivos na partição do Ubuntu ao executar o Windows. Por outro lado, o Ubuntu 'entende' o NTFS e o FAT para que você possa montar e acessar a partição do Windows quando estiver no Ubuntu.
Ao inicializar seu BIOS, procura por setor de inicialização no dispositivo do qual você está inicializando (disco rígido). Todo sistema operacional configura seu próprio setor de inicialização quando instalado. Novos sistemas operacionais verificam quando outro setor de inicialização já está em vigor e, em seguida, fazem inicialização dupla. Esse é um menu simples para escolher o sistema operacional.
Então, se você não consegue nem inicializar o Ubuntu, o Windows provavelmente escreveu sobre o setor de boot do Ubuntu. Existe algum artigo útil para este problema: link