Você pode criar um arquivo da área de trabalho e torná-lo executável e, em seguida, executá-lo diretamente do nautilus ou da área de trabalho. Aqui está um exemplo:
Crie um arquivo usando:
gedit myjar.desktop
Copie e cole o código abaixo:
#!/usr/bin/env xdg-open
[Desktop Entry]
Version=1.0
Type=Application
Terminal=false
Exec=java -jar my.jar
Name=My Java Gui
Icon=/usr/share/icons/hicolor/48x48/apps/openjdk-7.png
#Path=/$HOME/
Algumas entradas como o caminho são opcionais.
Torne-o executável:
chmod +x myjar.desktop
Execute o nautilus.