Você deve estar bem usando o firewall como está. A única vez que você deve adicionar uma regra ou exceção é quando estiver hospedando um recurso da sua máquina, como um site da Web ou um servidor FTP ou algum outro recurso que exija que os clientes se conectem a você. Neste caso, você é um cliente (skype) conectado a um recurso remoto (Microsoft). Os perfis usados no GUFW são configurados para permitir que todo o tráfego de saída do seu PC seja meu padrão, portanto, isso não deve interferir em nenhum dos seus Aplicativos.