Eu acho que você está sob a suposição errada. CTRL + L não está vinculado a nenhuma função do sistema por padrão. Você pode testar isso com o Chrome, o Nautilus e outros aplicativos que usam o mesmo keybinding.
Meu palpite é que existe um conflito chave no próprio Sublime. Eu recomendaria a instalação do plug-in FindKeyConflicts para encontrá-lo.