Você pode tentar usar o seguinte xorg.conf . Ele configura duas seções Screen e ServerLayout para gerenciá-las.
Section "Device"
Identifier "nvidia0"
Driver "nvidia"
Option "CustomEDID" "DFP:/etc/X11/edid-shimian.bin"
Option "RenderAccel" "true"
Option "UseEdidFreqs" "true"
Option "MetaModes" "2055x1440,1920x1080;1366x768,1366x768;1024x768,1024x768"
Screen 0
BusID PCI:2:0:0
EndSection
Section "Device"
Identifier "nvidia1"
Driver "nvidia"
Option "RenderAccel" "true"
Option "UseEdidFreqs" "true"
Option "MetaModes" "2055x1440,1920x1080;1366x768,1366x768;1024x768,1024x768"
Screen 1
BusID PCI:2:0:0
EndSection
Section "Monitor"
Identifier "Monitor0"
Option "DPMS"
EndSection
Section "Monitor"
Identifier "Monitor1"
Option "DPMS"
EndSection
Section "Screen"
Identifier "Screen0"
Device "nvidia0"
Monitor "Monitor0"
DefaultDepth 24
SubSection "Display"
Depth 24
Modes "2055x1440" "1920x1080" "1366x768" "1024x768"
EndSubSection
EndSection
Section "Screen"
Identifier "Screen1"
Device "nvidia1"
Monitor "Monitor1"
DefaultDepth 24
SubSection "Display"
Depth 24
Modes "2055x1440" "1920x1080" "1366x768" "1024x768"
EndSubSection
EndSection
Section "ServerLayout"
Identifier "ServerLayout0"
Screen 0 "Screen0" 0 0
Screen 1 "Screen1" RightOf "Screen0"
InputDevice "Generic Keyboard" "CoreKeyboard"
InputDevice "Configured Mouse" "CorePointer"
Option "Xinerama"
EndSection
Eu posso estar faltando alguma coisa, então você terá que testar isso. Eu usei os confs de aqui como referência.
Outra abordagem que você pode tentar é configurar seus monitores manualmente, usando xrandr . Você terá que configurar outra seção Monitor e até mesmo a segunda seção Device sem o EDID , no entanto. Mas a linha de comando seria:
$ xrandr --output DVI-I-1 --primary --mode 2560x1440 --output DVI-D-0 --mode 1920x1080 --right-of DVI-I-1
ou até mesmo em várias linhas como:
$ xrandr --output DVI-I-1 --primary --mode 2560x1440
$ xrandr --output DVI-D-0 --mode 1920x1080 --right-of DVI-I-1
EDIT: Adicionado MetaModes a Device seção e SubSection com modos a Screen seção.