Atualização:
O Nautilus suporta o FTPS agora que o bug vinculado abaixo foi (finalmente) corrigido (Thanks @ HullCityFan852 ).
postagem original:
O Nautilus não suporta FTPS, veja que o bug (aberto há muito tempo, mas ainda sem progresso )
Como alternativa, você pode usar o FileZilla:
O cliente FileZilla suporta FTPS ambos implícitos (protocolo FTPS: //) e explícito (FTPES: //).