Encontrei a solução para esse problema, embora tardiamente. Como o TheByteSmasher, não tendo sorte ou encontrando qualquer solução através de inúmeras buscas, eu re-instalei. Eu fiz backup de tudo e deixei meu diretório pessoal no lugar durante a reinstalação. Tudo estava funcionando bem depois. Problema resolvido. Mas parece que isso pode não ser necessário.
Após adicionar novamente todos os meus antigos PPAs e a maioria dos meus softwares e atualizações antigos, o problema retornou exatamente como era antes. Isso foi muito frustrante ter passado o fim de semana fazendo backup e reinstalando para resolver esse problema!
Por sorte, consegui voltar atrás e descobrir o que havia sido atualizado e, finalmente, localizei o culpado:
libgdk-pixbuf2.0-0
De alguma forma, minha versão desse arquivo foi atualizada da versão estável do Utopics libgdk-pixbuf2.0-0: 2.30.8-1 para a versão de desenvolvimento libgdk-pixbuf2.0-0 : 2.31.1-1
Eu não consegui fazer o downgrade desse pacote, mas usando o comando a seguir, consegui localizar o PPA que atualizou este pacote:
apt-cache policy libgdk-pixbuf2.0-0
Isso me mostrou o PPA ao qual o pacote pertencia. Em seguida, usei o PPA Purge para reverter todas as alterações feitas por esse PPA em particular
sudo apt-get install ppa-purge
sudo ppa-purge [ppa to be purged]
Isso reverteu todas as mudanças e restaurou tudo de volta ao normal, desde caixas de seleção até o uso do nautilus.
Espero que isso ajude alguém, pois este é um problema profundamente frustrante, não é possível usar o gerenciador de arquivos de forma útil é um pesadelo, muito menos ser incapaz de mudar o tema, abra qualquer coisa que também use nautilus iria travar na seleção de imagem do disco, e muitos outros também).
Eu não tenho certeza se a solução pode ser alcançada sem uma reinstalação, mas eu teria pensado que provavelmente e definitivamente vale a pena um tiro.