Eu apenas resolvi o problema sozinho.
Uma vez eu editei /etc/pulse/default.pa
para desabilitar o module-suspend-on-idle, porque o primeiro 0.5-1 segundo de cada saída de som foi cortado. Acho que prefiro aceitar isso do que sem som.
Como aconteceu, eu fiz isso pouco antes de lançar o VLC pela primeira vez. Desculpe por culpar você VLC;)
O YouTube também funciona novamente.