Você está certo, os pacotes ffmpeg no Ubuntu 10.04 e 10.10 não suportam filtros de vídeo. Se você usa o Ubuntu 10.10, você pode adicionar pacotes não-oficiais do Debian Multimedia Project e instalar sua versão ffmpeg (você não deve fazer isso Se você usa o Ubuntu 10.04, existem muitos conflitos com pacotes mais antigos. Também não combine esses pacotes com ubuntu-restricted-extras). Então os seguintes trabalhos
ffmpeg -i in.avi -vf vflip out.avi
Uma opção mais fácil - se tudo o que você quer fazer é inverter vídeos - é usar o pacote mencoder em vez de ffmpeg. Depois de instalar o pacote, o seguinte funciona (copiando o áudio, codificando o vídeo com libavcodecs):
mencoder -vf flip -o out.avi -oac copy -ovc lavc in.avi