Tente renomear o arquivo e reabri-lo novamente. Para mim, aconteceu quando eu tentei destacar uma linha, todo o arquivo de repente ficou branco em branco. Eu renomeiei o arquivo e o reabri oe ele exibia as páginas normalmente de novo, mas infelizmente sem o destaque ... eu não acho que o Okular possa manipular arquivos tão grandes, o meu era de 90MB