Se você puder recuperar uma unidade de um sistema de arquivos de uma unidade não criptografada, também poderá recuperar o arquivo nas mesmas circunstâncias de uma unidade criptografada, já que ainda é possível montar o sistema de arquivos na unidade criptografada. Simplesmente falando, não deveria haver diferença. A chave aqui é que o sistema de arquivos no topo ainda funciona como projetado, não importa como os blocos de armazenamento subjacentes estejam organizados e criptografados ou não.
Se você usa criptografia do sistema de arquivos como ecryptfs em vez de criptografia de unidade inteira, você tem arquivos criptografados em um sistema de arquivos de um disco não criptografado, então seria exatamente o mesmo que sem criptografia, apenas o conteúdo do arquivo e seu tamanho é diferente .
Se você usa SSDs, lembre-se de que existem coisas como TRIM.