Estou usando o ubuntu 14.04, com metacity, mas o mesmo bug estava acontecendo também usando o Cinnamon.
Basicamente eu tenho um terminal bash no modo de tela cheia.
Se eu usar outro programa, e este programa abrir uma janela modal, esta janela modal não recebe o foco, mas perde a prioridade e a janela do terminal em tela cheia aparece na frente, fazendo com que eu use alt-tab para voltar concentre-se na janela modal e no programa que eu estava usando.
Isso acontece somente se houver uma janela de tela inteira ativa na parte de trás.
Como evitar isso?