Isso é perfeitamente viável e é de fato o que eu faço para o meu Steam on Wine. A pasta SteamApps é compartilhada com a do Steam no Windows. Você pode criar um link simbólico (que é como eu usei pela primeira vez) ou adicioná-lo corretamente como uma segunda pasta de biblioteca (que é como eu usá-lo agora). Eu não tive nenhum problema com isso. Jogos instalados no Wine aparecem bem no Windows e vice-versa, mas você pode ter que passar pelo estágio de instalação / preparação mais uma vez para obter pré-requisitos.