Você pode ver se este é um problema do MySQL rodando (troque os limites das variáveis de tempo de execução):
mysql -uUSERNAME -pPASSWORD DATABASE "show processlist;"
... while acionando uma solicitação. Ele mostrará as consultas em andamento e o tempo que elas levaram. Se você tiver uma consulta particularmente lenta, ela estará lá. Se isso for muito rápido, existem métodos de registro de consultas .
Também poderia ser o Wordpress (ou o seu tema, ou qualquer outro) martelando o banco de dados com pequenas consultas. Como alguém que constrói sistemas on-line, sou perfeitamente qualificado para lhe contar um segredo: Wordpress suga . Oh ok, isso não é um segredo. Você precisa fazer muito para ter um bom desempenho. Para definir você na direção certa (supondo que não seja um modelo mal escrito): plugins de cache!
Na mesma veia, assista htop
ao fazer solicitações. O PHP + Wordpress provavelmente será um monstro através de uma grande quantidade de CPU para gerar a página. Pode ser apenas aquilo que está demorando tanto. Se você não pode consertá-lo com o cache (e você está em um computador de 64 bits), você pode tentar o HHVM (o substituto quase completo) para PHP-CGI do Facebook). É muito, muito mais rápido, mas precisa ser instalado. Não é tão simples quanto apt-get install lamp-server^
.
E, finalmente, parece que poderia ser um problema de DNS. Se você está especificando um nome de domínio como seu endereço de banco de dados e sua resolução está demorando para sempre (ou pior, falhando a metade do tempo), isso vai acumular uma conexão. Mude para um IP ( 127.0.0.1
se for local) e tente novamente.