Existe um script de início automático
/etc/xdg/autostart/user-dirs-update-gtk.desktop
Que chama o programa xdg-user-dirs-gtk-update , que parece não ter nenhuma explicação man page ou --help , mas acredito que seja a causa.
Você pode excluir esse script (que parece pertencer ao pacote xdg-user-dirs-gtk e pode ser recriado se ele for atualizado) ou adicionar uma linha Hidden=true ao arquivo de autostart, o que deve impedir sua execução (e você deve ser perguntado se deseja manter sua cópia modificada durante futuras atualizações).