Wubi inicializa o Ubuntu. Portanto, no que diz respeito aos vírus, não há diferença entre o Wubi e a execução de um dual boot normal com o Ubuntu / Windows. Você não será infectado durante a execução do Ubuntu usando o Wubi.
É claro que se o seu Windows já estiver infectado, toda vez que você inicializar o Windows, há um risco de criptografar o root.disk do Wubi (o disco virtual usado pelo Wubi) ou outros arquivos necessários para inicializar o Wubi. mais poder inicializar o Ubuntu. Isso não aconteceria em uma inicialização dupla normal.
A resposta é garantir que o seu Windows esteja limpo. E faça backup dos seus dados.
O último item, o backup dos seus dados, é algo óbvio que você deve fazer de qualquer maneira, uma vez que uma falha de hardware e um vírus mal-intencionado criptografando seus dados podem ter o mesmo resultado: você não terá acesso aos seus dados. p>