Este foi um caso muito raro. Acabei de fazer uma instalação limpa via ppa. E é uma boa chance de experimentar o ST3.
sudo add-apt-repository ppa:webupd8team/sublime-text-3
sudo apt-get update
sudo apt-get install sublime-text-installer
Fixo.
UPDATE: O problema parece estar em algum arquivo corrompido dentro de ~/.config/sublime-text-3/Packages/User