Sim. Isso pode ser feito desde que você proceda com cautela. O bootloader grub não precisa ser instalado na mesma unidade que a instalação do Windows. Eu faço coisas parecidas com os pen drives. Se a sua BIOS suportar a inicialização a partir do SDcard, é uma instalação padrão, caso contrário, há um tutorial sobre como fazer exatamente o que você tem em mente aqui.