Eu lembro que estava tendo esse problema também.
A primeira coisa que fiz foi tentar remover o valor network.protocol-handler.app.http
para permitir que o Thunderbird solicitasse o aplicativo. Não me lembro se isso funcionou ou não.
Eu lembro que acabei de criar um novo perfil do thunderbird (na linha de comando digite thunderbird -P
para entrar no prompt do perfil ... bem básico de lá) e copiei minhas configurações do primeiro perfil para o segundo. Problema resolvido. ☺