Posso associar um tipo de arquivo ao NetBeans para poder abrir arquivos desse tipo no Gerenciador de arquivos?
Sim, você pode. Basta passar o nome do arquivo a ser aberto como o único argumento na sua interface de linha de comando.
Por exemplo:
netbeans MyFile.java
O mesmo comando pode ser usado para criar uma associação para arquivos de tipos específicos no gerenciador de arquivos (abaixo)
Você também pode usar a opção explícita --open para maior clareza e passar mais de um arquivo; por exemplo, no Unix:
find src -name \*.java -print0 | xargs -0 netbeans --open
Se houver uma instância do IDE já em execução, o arquivo será simplesmente aberto nesta instância e o comando será encerrado. Talvez seja necessário passar a opção --userdir para corresponder ao diretório de usuários do IDE em execução.
Além disso, você pode especificar a linha na qual o arquivo deve ser aberto (os números de linha começam em 1):
netbeans Something.java:55