Usando Sox você pode reduzir o ruído.
O Sox pode ser instalado com:
sudo apt-get install sox
Para usar o sox, você pode seguir este artigo em www. zoharbabin.com .
Ou:
Para uso direto com o ffmpeg, você pode tentar seguir o código.
Fonte: ubuntuforums.org
ffmpeg -i input.avi -vcodec libx264 -crf 24 -preset slow -filter:v hqdn3d=4.0:3.0:6.0:4.5 -acodec aac -strict experimental -ab 192k output.mp4