É uma boa ideia usar
sudo apt-get autoremove
de tempos em tempos. Apt-get manpage diz:
autoremove
autoremove is used to remove packages that were automatically
installed to satisfy dependencies for other packages and are now no
longer needed.
Isso remove os "remanescentes" das versões anteriores do kernel e eu aposto que também deveria liberar espaço em disco suficiente no seu caso.