Minha primeira sugestão seria executar a partir da linha de comando:
sudo apt-get -f install eclipse
Alternativa :
Este recurso pode ser útil para você. Eu posso confirmar que o processo funciona no Ubuntu 14.04, já que é isso que estou usando, e ele atualizou de forma limpa a minha versão do Eclipse para o Kepler, e deve resolver problemas com a sua instalação. Aqui está o processo, emprestado do link acima:
% bl0ck_qu0te%Nota : usando este processo, você terá que reinstalar quaisquer plug-ins e adicionar novamente quaisquer fontes de atualização da compilação anterior (pelo menos, eu fiz). No entanto, você obtém uma instalação limpa de uma versão mais recente, que deve resolver seus problemas. Boa sorte.